《终末的后宫》故事建立在2040 年的未来，一名叫做水原怜人的医学界高材生，因罹患了当时医疗技术无法医治的罕见疾病「细胞硬化症」，并听从医生的指示冷冻沉睡了五年好来发明解药。但未料这段期间因「MK病毒」，也就是男性杀手病毒席卷全球，以致全世界仅剩下包含怜人等五位男性存活。而当怜人一醒来就必须背负延续人类文化的使命，必须与这世上大量的女性进行交配。